1998年5月28日，北京二中实施初高中分离，在西花厅小学校址（北京市东城区西花厅胡同2号）试办普通初级中学，合并之前所分出来的85中，并定名为“北京市第二中学分校”，是由北京市第二中学作为举办者，利用非国家财政性教育经费举办的民办公助学校，该校具有独立的事业单位法人资格，人员自聘，经费自筹，教育教学、教改、学籍管理等项业务工作必须按市、区有关规定执行。（形成了民办公助体制的初中校北京二中分校和公办体制的高中校北京二中）。

　　2003年7月15日，北京二中、二中分校与北京八十五中在北京二中礼堂召开合并后的第一次全体教职工大会。东城区教委副主任于俊峰宣布三校合并。东城区教工委组织部部长宣布任命梁新儒为二中分校校长，任命白桂英为二中分校党支部书记。三校合并后，原八十五中的校名注销，原八十五中的高中部划归北京二中，原八十五中的初中部划归二中分校）。

　　校址迁移，2004年5月10日经东城区教委批准，校址迁到北京市东城区南竹杆胡同81号。”

　　2005年5月2日，张雅文校长主持召开二中分校第一次行政会。从此二中分校行政会不再与北京二中行政会联合召开，二中分校独立管理校内事务。